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Aber ich gebe der Holding ja auch andere Privilegien: ich entziehe ja bei der Ausschüttung an die Holding ner Tochtergesellschaft quasi Kapital, und schütze ebenjenes Kapital vor den Geschäftsrisiken ebenjener Tochtergesellschaft.

Das ist aber nicht holdingspezifisch. Bei einer "normalen" Gesellschaft, die einer natürlichen Person gehört, würde der Gewinn auf gleichem Wege abfließen. Nur eben nicht zur Holding, sondern zur Person. Das Prinzip, Ausschüttung der Gewinne, bleibt komplett gleich, es ändert sich nur, wer das Geld bekommt. Für einen Gläubiger der Gesellschaft ist das wurscht, die Abschirmung entsteht nicht durch die Holding, sondern durch die Rechtsform der eigentlichen Gesellschaft + die Ausschüttung.

Und wenn unser Steuersystem so logisch wäre, ist ja die Zwischenfirmenbesteuerung trotzdem Humbug, weil dann müsste ja keine Steuer anfallen.

Das stimmt! Das Problem hier ist, dass §3c EStG gleich zu Beginn festlegt, dass Ausgaben, die mit steuerfreien Einnahmen im unmittelbaren wirtschaftlichen Zusammenhang stehen, nicht abgezogen werden dürfen. Das bedeutet, dass bei komplett steuerfreien Dividenden jedes betroffene Unternehmen fein säuberlich abtrennen müsste, wie viel von den Finanzierungs- und Verwaltungskosten nun auf diese Beteiligung entfällt. Stattdessen schreibt der Gesetzgeber einfach diese 5% pauschal vor, die aufwendigen Einzelfallermittlungen entfallen. Eine massive Arbeitserleichterung in der Praxis, aber eigentlich nicht logisch.

Ich empfehle dir Code of Capital von der Princeton Professorin Katharina Pistor. Sie beschreibt, wie diese Strukturen (bspw. Holdinggesellschaften) explizit zur Steuervermeidung überhaupt codifiziert wurden.

Interessant. Was schreibt sie denn genau?